Rozlučkové ceremonie se na letišti v Tel Avivu zúčastnil izraelský premiér Benjamin Netanjahu i prezident Šimon Peres, který označil papežovu návštěvu při loučení na letišti za významný příspěvek k novým vztahům mezi Izraelem a Vatikánem.
Papež v závěrečné řeči na letištní ploše zdůraznil, že "brutální vyhlazování Židů, které má na svědomí bezbožný nacistický režim, nebude nikdy zapomenuto anebo popíráno".
Na téma holokaustu mluvil papež už během pondělní návštěvy památníku obětí holokaustu Jad Vašem v Jeruzalémě. Jeho projev v Izraeli vyvolal zklamání a kritiku. Papež, původem z Německa, v něm totiž nezmínil vinu nacistů a Němců na holokaustu, nevyslovil očekávanou omluvu ani neuvedl rozsah nacistického vyvražďování Židů.
Benedikt XVI. se před odletem také vyslovil pro samostatný palestinský stát i právo Izraele na existenci. Dovolával se současně ukončení násilí v oblasti. "Dovolte mi apelovat na všechny lidi ve Svaté zemi: Už žádné krveprolévání. Žádné další boje. Už žádný terorismus," řekl papež.
Papež v poslední den své blízkovýchodní cesty navštívil nejuctívanější křesťanskou památku, chrám Božího hrobu v Jeruzalémě, údajné místo Ježíšova ukřižování a vzkříšení. Podle křesťanské tradice se na místě pomodlil.
"Tady Kristus zemřel a zase vstal z mrtvých, aby už nikdy znovu nezemřel, tady se zásadně změnily dějiny lidstva," uvedl papež v promluvě. "Ať skrze boží milosrdenství stále povstává naděje v srdcích všech lidí, kteří žijí v tomto regionu," dodal Benedikt XVI.
Předtím se papež setkal s jeruzalémským patriarchou řecké ortodoxní církve Theofilem III. Vyzval k novému impulzu v dialogu mezi katolíky a ortodoxními církvemi a apeloval na věřící všech náboženství, aby respektovali svobodu vyznání a žili navzájem v míru. Papež navštívil také arménský patriarchát.
Nejvyšší představitel římskokatolické církve navštívil na Blízkém východě všechna území, která jsou v Bibli popsána jako součást Svaté země - zhruba dnešní stát Izrael, palestinská území a Jordánsko.